يقع دير الأنبا توماس السائح بمنطقة الخطاطبة، وبدأ بقطعة أرض تبلغ مساحتها ٢٢٠ فدان اشتراها المتنيح الراهب القمص أبرآم الصموئيلي، ثم شراء أراضٍ أخرى لتصل المساحة الإجمالية إلى ٦٠٠ فدان.
أشار القمص موسي إبراهيم المتحدث باسم الكنيسة القبطية الأرثوذكسية أن العمل بدأ بالدير عام ٢٠٠٣ حيث تم بناء سور بطول كيلومتر واحد وبارتفاع خمسة أمتار تلا ذلك بناء منطقة قلالي الرهبان عام ٢٠٠٥ وإحاطتها بسورٍ خاص بها لتوفير الخصوصية المطلوبة لحياة الرهبان، وهي تبعد لمسافة واحد كيلو متر عن المنطقة المخصصة لزائري الدير.
وأوضح المتحدث باسم الكنيسة القبطية الأرثوذكسية أن العمل بمنطقة الزائرين بدأ عام ٢٠٠٧ على مساحة ١٢ فدان، وهي تحوي حاليًا كاتدرائية مقامة على مساحة ١٠٠٠ كيلو متر مربع، وكنيسة على الطراز الأثري على مساحة ٤٠٠ متر مربع، وقاعة ضيافة للزائرين تسع حوالي ٥٠٠ شخص.
وأشار المتحدث إلى اعتراف المجمع المقدس برئاسة مثلث الرحمات البابا شنوده الثالث، البطريرك 117 الكرازة المرقسية بالدير كامتداد لدير القديس الأنبا توماس السائح بسوهاج، وذلك في جلسته المنعقدة يوم ٢٦ مايو ٢٠٠٩.
وأضاف المتحدث باسم الكنيسة أن قداسة البابا تواضروس الثاني، بابا الإسكندرية بطريرك الكرازة المرقسية، قد زار الدير للمرة الأولى يوم ١٥ مايو ٢٠١٦ وتفقد مبانيه وعقد جلسة أبوية مع الرهبان وطالبي الرهبنة.
وأشار القمص موسي إبراهيم إلى سيامة نيافة الأنبا ساويرس أسقفًا عامًا بيد قداسة البابا تواضروس الثاني يوم ٢٥ نوفمبر ٢٠١٨ وأسندت اليه مسؤولية الإشراف على الدير إلى جانب دير القديس الأنبا موسى القوي بطريق العلمين، قبل أن يتم تجليس نيافته أسقفًا ورئيسًا على الدير في شهر مارس الماضي، إلى جانب دير الشهيد مار بقطر بالخطاطبة، المجاور للدير ،وقام قداسة البابا تواضروس الثانى وأحبار الكنيسة اليوم بتدشين كاتدرائية الدير .
